Notice: Undefined index: alias in /home/people/clients/igrpan/igrwww/www_prod/modules/MleCMS/MleCMS.module.php on line 302

 

 

 
This is a captcha-picture. It is used to prevent mass-access by robots. (see: www.captcha.net)

Zapomniane hasło?  Zgubiony login?

Zespół Ewolucji Funkcji Systemów Biologicznych
Na skróty

Zespół Ewolucji Funkcji Systemów Biologicznych

Lider

dr Grzegorz Koczyk

Skład

dr Katarzyna Czyż (Wyrwa)
mgr Piotr Zaremba (doktorant-wolontariusz)

Badamy ewolucję elementów genomu (zarówno genów jak i sekwencji niekodujących) jako pochodną selekcji wynikającej z zarówno wymagań funkcjonalnych, jak i ograniczeń wynikających z praw fizyki, chemii i rachunku prawdopodobieństwa. Stosujemy, rozwijamy i testujemy algorytmy i modele łączące bioinformatykę strukturalną, filogenomikę i teorię gier. Naszym celem jest poszukiwanie uproszczonych, ogólnych reguł kształtujących ewolucję systemów biologicznych wykorzystując zarówno techniki biologii molekularnej jak i narzędzia bioinformatyczne. W ramach prac, staramy się również tworzyć i udostępniać nowe narzędzia umożliwiające łatwe prowadzenie analiz i prac opartych na tychże zasadach.

Profil badawczy

  • filogenomika specyficzności substratowej i aktywności enzymatycznej w biosyntezie, modyfikacjach i transporcie metabolitów wtórnych u Eukaryota (w szczególności: mikotoksyn i metabolitów roślin uprawnych),
  • ewolucja metabolizmu pierwotnego i wtórnego roślin strączkowych, w tym w szczególności ich zdolności do asymilacji azotu atmosferycznego dzięki stabilnym oddziaływaniom symbiotycznym,
  • rekonstrukcja scenariuszy ewolucji odporności na naturalne i sztuczne substancje grzybobójcze (strategie usuwania, akumulacji i wzrostu),
  • ewolucja domen i architektury domenowej białek.

Metody

  • metody diagnostyki molekularnej (m.in. PCR, qRT-PCR, bezpośrednie sekwencjonowanie produktów PCR i głębokie sekwencjonowanie próbek środowiskowych),
  • filogenomika i analizy filogenetyczne (przybliżone metody maksymalizacji wiarygodności, statystyczna analiza wzorców i trendów w filogenii i fenotypie),
  • modelowanie struktur białkowych w oparciu o homologię,
  • nadzorowane i pozbawione nadzoru techniki analizy skupień w danych bibliograficznych i adnotacji funkcjonalnej,
  • przewidywanie i adnotacja miejsc sekwencji istotnych dla funkcji z wykorzystaniem metod profilowej analizy sekwencji, interakcji molekularnych i ograniczeń strukturalnych dotyczących cząsteczek białka.

Obecnie prowadzone prace badawcze

  • analizy molekularne i ewolucyjne potencjalnych producentów makrolaktonów wśród grzybów wyższych,
  • analizy transkryptomiczne i filogenomiczne dywergentnych gatunków roślin strączkowych (Caesalpinioidae),
  • analizy filogenomiczne mające na celu rekonstrukcję szerokiego zbioru “map drogowych” (Koczyk i in. 2015) metabolizmu wtórnego i transportu metabolitów u grzybów wyższych,

Wybrane publikacje

Projekty badawcze