Notice: Undefined index: alias in /home/people/clients/igrpan/igrwww/www_prod/modules/MleCMS/MleCMS.module.php on line 302
Zespół Ewolucji Funkcji Systemów Biologicznych
Na skróty

Zespół Ewolucji Funkcji Systemów Biologicznych

Lider

dr Grzegorz Koczyk

Skład

dr Katarzyna Czyż (Wyrwa)
mgr Michał Kawaliło (doktorant)
mgr Piotr Zaremba (doktorant-wolontariusz)

Badamy ewolucję elementów genomu (zarówno genów jak i sekwencji niekodujących) jako pochodną selekcji wynikającej z zarówno wymagań funkcjonalnych, jak i ograniczeń wynikających z praw fizyki, chemii i rachunku prawdopodobieństwa. Stosujemy, rozwijamy i testujemy algorytmy i modele łączące bioinformatykę strukturalną, filogenomikę i teorię gier. Naszym celem jest poszukiwanie uproszczonych, ogólnych reguł kształtujących ewolucję systemów biologicznych wykorzystując zarówno techniki biologii molekularnej jak i narzędzia bioinformatyczne. W ramach prac, staramy się również tworzyć i udostępniać nowe narzędzia umożliwiające łatwe prowadzenie analiz i prac opartych na tychże zasadach.

Profil badawczy

  • filogenomika specyficzności substratowej i aktywności enzymatycznej w biosyntezie, modyfikacjach i transporcie metabolitów wtórnych u Eukaryota (w szczególności: mikotoksyn i metabolitów roślin uprawnych),
  • ewolucja metabolizmu pierwotnego i wtórnego roślin strączkowych, w tym w szczególności ich zdolności do asymilacji azotu atmosferycznego dzięki stabilnym oddziaływaniom symbiotycznym,
  • rekonstrukcja scenariuszy ewolucji odporności na naturalne i sztuczne substancje grzybobójcze (strategie usuwania, akumulacji i wzrostu),
  • ewolucja domen i architektury domenowej białek.

Metody

  • metody diagnostyki molekularnej (m.in. PCR, qRT-PCR, bezpośrednie sekwencjonowanie produktów PCR i głębokie sekwencjonowanie próbek środowiskowych),
  • filogenomika i analizy filogenetyczne (przybliżone metody maksymalizacji wiarygodności, statystyczna analiza wzorców i trendów w filogenii i fenotypie),
  • modelowanie struktur białkowych w oparciu o homologię,
  • nadzorowane i pozbawione nadzoru techniki analizy skupień w danych bibliograficznych i adnotacji funkcjonalnej,
  • przewidywanie i adnotacja miejsc sekwencji istotnych dla funkcji z wykorzystaniem metod profilowej analizy sekwencji, interakcji molekularnych i ograniczeń strukturalnych dotyczących cząsteczek białka.

Obecnie prowadzone prace badawcze

  • analizy molekularne i ewolucyjne potencjalnych producentów makrolaktonów wśród grzybów wyższych,
  • analizy transkryptomiczne i filogenomiczne dywergentnych gatunków roślin strączkowych (Caesalpinioidae),
  • analizy filogenomiczne mające na celu rekonstrukcję szerokiego zbioru “map drogowych” (Koczyk i in. 2015) metabolizmu wtórnego i transportu metabolitów u grzybów wyższych,

Wybrane publikacje

Projekty badawcze