Notice: Undefined index: alias in /home/people/clients/igrpan/igrwww/www_prod/modules/MleCMS/MleCMS.module.php on line 302
Zespół Biometrii i Bioinformatyki
Na skróty

Zespół Biometrii i Bioinformatyki

 

Lider

prof. dr hab. Paweł Krajewski

Skład

prof. em. Zygmunt Kaczmarek - prof. emeryt.
mgr inż. Hanna Ćwiek - Kupczyńska

Zespół prowadzi badania na temat modelowania i analizy danych pochodzących z  doświadczeń biologicznych oraz struktur i narzędzi przetwarzania danych. Szczególnie interesujące są dane powstające w doświadczeniach wykorzystujących protokoły takie jak sekwencjonowanie lub chromatografia. Ze względu na duże liczby obserwacji i komplementarność tych analiz w projektach biologicznych, istotnym zagadnieniem jest integracja różnych zbiorów danych. 

Profil Badawczy

  • Metody statystyczne, informatyczne i bioinformatyczne służące do analizy i integracji wyników doświadczeń biologicznych, ze szczególnym uwzględnieniem doświadczeń wykonywanych w genetyce, genomice oraz w hodowli roślin.
  • Metody konstrukcji baz danych i narzędzi do przechowywania i przetwarzania danych z doświadczeń roślinnych. 

Metody

  • analiza liniowych modeli mieszanych,
  • modelowanie danych funkcyjnych,
  • analiza wielowymiarowa,
  • relacyjne bazy danych,
  • standaryzacja informacji eksperymentalnej,
  • analiza wyników sekwencjonowania wysokoprzepustowego DNA,
  • interpretacja oraz integracja danych pochodzących z doświadczeń wykorzystujących sekwencjonowanie DNA. 

Obecnie prowadzone prace badawcze

  • opracowanie metod przetwarzania i interpretacji wyników doświadczeń prowadzonych w celu oceny ekspresji genów, interakcji białek i DNA oraz stanu chromatyny (badania statutowe,  EPITRAITS).

Wybrane publikacje

  • Caliński T., Czajka S., Kaczmarek Z., Krajewski P., Pilarczyk W., Siatkowski I., Siatkowski M. (2016). On a mixed model analysis of multi-environment variety trials: a reconsideration of the one-stage and the two-stage models and analyses. Statistical papers doi: 10.1007/s00362-015-0706-x
  • Piasecka A., Sawikowska A., Kuczyńska A., Ogrodowicz P., Mikołajczak K., Krystkowiak K., Gudyś K., Guzy-Wróbelska J., Krajewski P., Kachlicki P. (2016) Drought related secondary metabolites of barley (Hordeum vulgare L.) leaves and their mQTLs. Plant Journal DOI: 10.1111/tpj.13430
  • Ćwiek‑Kupczyńska H., Altmann T., Arend D., Arnaud E., Chen D., Cornut G., Fiorani F., Frohmberg W., Junker A., Klukas Ch., Lange M., Mazurek C., Nafissi A., Neveu P., van Oeveren J., Pommier C., Poorter H., Rocca-Serra Ph., Sansone S-A., Scholz U.,  van Schriek M., Seren Ű., Usadel B., Weise S., Kersey P., Krajewski P. (2016). Measures for interoperability of phenotypic data: minimum information requirements and formatting. Plant Methods 12:44. DOI: 10.1186/s13007‑016‑0144‑4
  • Mleczek M., Rutkowski P., Goliński P., Kaczmarek Z., Szentner K., Waliszewska B., Stolarski M., Szczukowski S. (2016). Biological diversity of Salix taxa in Cu, Pb and Zn phytoextraction from soil. International Journal of Phytoremediation http://dx.doi.org/10.1080/15226514.2016.1207597
  • Ogrodowicz P., Adamski T., Mikołajczak K., Kuczyńska A., Surma M., Krajewski P., Sawikowska A., Górny A.G., Gudyś K., Szarejko I., Guzy-Wróbelska J., Krystkowiak K. (2016). QTLs for earliness and yield-forming traits in the Lubuski × CamB barley RIL population under various water regimes. Journal of Applied Genetics DOI: 10.1007/s13353-016-0363-4
  • Krystkowiak K., Langner M., Adamski T., Salmanowicz B.P., Kaczmarek Z., Krajewski P., Surma M. (2016). Interactions between Glu-1 and Glu-3 loci and associations of selected molecular markers with quality traits in winter wheat (Triticum aestivum L.) DH lines. Journal of Applied Genetics DOI: 10.1007/s13353-016-0362-5
  • Rakoczy-Trojanowska M., Orczyk W., Krajewski P. (2016). ScBx gene based association analysis of hydroxamate content in rye (Secale cereale L.). Journal of Applied Genetics DOI 10.1007/s13353-016-0356-3
  • Mikołajczak K., Kuczyńska A., Krajewski P., Sawikowska A., Surma M., Ogrodowicz P., Adamski T., Krystkowiak K., Górny A.G., Kempa M., Szarejko I., Guzy-Wróbelska J., Gudyś K. (2016). Quantitative trait loci for plant height in Maresi × CamB barley population and their associations with yield-related traits under different water regimes. Journal of Applied Genetics doi:10.1007/s13353-016-0358-1
  • Chmielewska K., Rodziewicz P., Swarcewicz B., Sawikowska A., Krajewski P., Marczak Ł., Ciesiołka D., Kuczyńska A., Mikołajczak K., Ogrodowicz P., Krystkowiak K., Surma M., Adamski T., Bednarek P., Stobiecki M. (2016). Analysis of drought-induced proteomic and metabolomic changes in barley (Hordeum vulgare L.) leaves and roots unravels some aspects of biochemical mechanisms involved in drought tolerance. Frontiers in Plant Science 7 DOI: 10.3389/fpls.2016.01108
  • Perlikowski D., Kierszniowska S., Sawikowska A., Krajewski P., Rapacz M., Eckhardt Ä., Kosmala A. (2016). Remodeling of leaf cellular glycerolipid composition under drought and re-hydration conditions in grasses from the Lolium-Festuca complex. Frontiers in Plant Science 7:1027 doi: 10.3389/fpls.2016.01027
  • Mikołajczak K. Ogrodowicz P., Gudyś K., Krystkowiak K., Sawikowska A., Frohmberg W., Górny A., Kędziora A., Jankowiak J., Józefczyk D., Karg G., Andrusiak J., Krajewski P., Szarejko I., Surma M., Adamski T., Guzy-Wróbelska J., Kuczyńska A. (2016). Quantitative trait loci for yield and yield-related traits in spring barley populations derived from crosses between European and Syrian cultivars. PlosOne doi: 10.1371/journal.pone.0155938.
  • Wiśniewska H., Surma M., Krystkowiak K., Adamski T., Kuczyńska A., Ogrodowicz P., Mikołajczak K., Belter J., Majka M., Kaczmarek Z., Krajewski P., Sawikowska A., Lenc L., Baturo-Cieśniewska A., Łukanowski A., Góral T., Sadowski Cz. (2016). Simultaneous selection for yield-related traits and susceptibility to Fusarium head blight in spring wheat RIL population. Breeding Science 66: 1-12. DOI: 10.1270/jsbbs.66.1
  • Pniewski T., Czyż M., Wyrwa K., Bociąg P., Krajewski P., Kapusta J. (2016). Micropropagation of transgenic lettuce containing HBsAg as a method of mass-scale production of standardised plant material for biofarming purposes. Plant Cell Reports DOI: 10.1007/s00299-016-2056-1
  • Magdziak Z., Mleczek M., Gąsecka M., Drzewiecka K., Kaczmarek Z., Siwulski M., Goliński P. (2016). Agaricus bisporus compost improves the potential of Salix purpurea × viminalis hybrid for copper accumulation. International Journal of Phytoremediation. DOI: 10.1080/15226514.2015.1131238

 

Projekty badawcze

  • Nr projektu: PBS3/A8/28/2015
    Tytuł projektu: SEGENMAS Sekwencjonowanie nowej generacji i mapowanie asocjacyjne jako metody generowania markerów molekularnych cech użytkowych łubinu wąskolistnego
    Koordynator: B.Wolko
    Liczba członkow konsorcjum: 6
    Okres realizacji: 1 marca 2015 – 28 lutego 2018

  • Nr projektu: ERA CAPS
    Tytuł projektu: FLOWPLAST Plasticity of flowering time in response to environmental signals in Arabidopsis thaliana
    Koordynator: M. Schmid (Max Planck Institute for Developmental Biology, Tübingen)
    Koordynator w IGR PAN: P. Krajewski
    Liczba członków konsorcjum: 5
    Okres realizacji: 1 sierpnia 2014 – 31 lipca 2017