W latach 1954-1973 Zakładem w Poznaniu kierował profesor Stefan Barbacki, a następnie, do 1979 roku Zakładem Genetyki Roślin PAN, a od 1979 roku Instytutem Genetyki Roślin PAN, kierowali profesorowie: Ignacy Wiatroszak (1973-1985 i 1990-1993), Stanisław Sulinowski (1985-1990), Jerzy Chełkowski (1993-2003) i Wojciech Święcicki (2004-2011).

W tym czasie funkcje zastępców  dyrektora pełnili: prof. dr hab. Stanisław Sulinowski (1973-1982), prof. dr hab. Tadeusz Kazimierski (1984-1988), doc. dr hab. Irena Frencel (1988-1991), dr Henryk Patyna (1984-1988), prof. dr hab. Janina Przybylska (1990-1993), prof. dr hab. Wojciech Święcicki (1991-2003), prof. dr hab. Zygmunt Kaczmarek (1993-2007), prof. dr hab. Maria Surma (2003-2011), prof. dr hab. Bogdan Wolko (2007-2011).

W latach 2012-2019 roku dyrektorem Instytutu był prof. dr hab. Bogdan Wolko, a jego zastępcami byli: prof. dr hab. Piotr Kachlicki, prof. dr hab. Zbigniew Zwierzykowski i prof. dr hab. Małgorzata Jędryczka.

Od roku 2020 dyrektorem jest prof. dr hab. Paweł Krajewski, zastępcą dyrektora ds. naukowych - prof. dr hab. Barbara Naganowska, a zastępcą dyrektora ds. administracyjnych - mgr Joanna Dutkiewicz (do roku 2023) i mgr Piotr Woźniak.