Celem badań jest opracowanie metod wczesnej detekcji grzybów chorobotwórczych wobec roślin uprawnych w powietrzu i w tkankach roślin-gospodarzy w celu identyfikacji patogenów i wspomagania strategii ich zwalczania. Od 2004 roku Zespół prowadzi system wspierania decyzji SPEC (www.spec.edu.pl) - trzeci pod względem wielkości na świecie system monitoringu aerobiologicznego inokulum pierwotnego patogenów roślin uprawnych. Badania dotyczą także mikologicznej i molekularnej charakterystyki patogenów w celu poznania struktury oraz śledzenia zmian w ich populacjach, dla prawidłowego wyznaczania strategii hodowli odpornościowej. W badanym materiale roślinnym poszukujemy źródeł genetycznej odporności na patogeny. Badania nad etiologią i epidemiologią dotyczą chorób powodowanych przez patogeny z królestwa grzybów (Fungi), w tym grzyby nekrotroficzne (głównie z rodzajów: Alternaria, Fusarium, Leptosphaeria, Ramularia i Sclerotinia), jak też biotroficzne (Melampsora). Obecnie badaniami objęto także Plasmodiophora brassicae - przedstawiciela pierwotniaków (Protista).

Profil badawczy

• Izolacja i identyfikacja mikologiczna i molekularna grzybów chorobotwórczych wobec roślin uprawnych.
• Identyfikacja genów awirulencji i ocena polimorfizmu genetycznego patogenów.
• Poszukiwanie źródeł odporności roślin na choroby powodowane przez grzyby.
• Mikroskopowa i molekularna detekcja zarodników workowych i konidialnych grzybów chorobotwórczych i saprotroficznych w powietrzu.

• identyfikacja chorób roślin uprawnych na podstawie objawów makroskopowych;
• izolacja i hodowla grzybów chorobotwórczych na podłożach mikrobiologicznych;
• doświadczalnictwo w warunkach polowych oraz biotesty w szklarni i w komorach klimatycznych z zastosowaniem technik inokulacyjnych;
• analiza mikroskopowa;
• ocena grup zgodności grzybniowej (MCG), identyfikacja genów awirulencji i typów kojarzeniowych;
• klasyczna i molekularna detekcja aeroplanktonu metodami aerobiologicznymi;
• izolacja genomowego DNA, projektowanie starterów, reakcje PCR, Real-time PCR;
• zastosowanie markerów molekularnych (RAPD, CAPS, ISSR, mikro- i makrosatelity);
• sekwencjonowanie fragmentów DNA;
• elektroforeza klasyczna i w pulsującym polu elektrycznym (PFGE).

Obecnie prowadzone prace badawcze

• Zmienność genetyczna izolatów Ramularia collo-cygni oraz poszukiwanie odporności na ramulariozę zbóż i traw.
• Identyfikacja źródeł odporności genetycznej na kiłę kapusty i suchą zgniliznę kapustnych u mutantów Brassica napus i mieszańców międzygatunkowych w obrębie rodzaju Brassica.
• Opracowanie metod badawczych i prowadzenie monitoringu aerobiologiczno-molekularnego:
  1) sucha zgnilizna kapustnych na rzepaku ozimym (Leptosphaeria maculans i L. biglobosa);
  2) detekcja grzybów chorobotwórczych i saprotroficznych rodzaju Alternaria i Cladosporium;
  3) fuzarioza kłosów pszenicy (Fusarium spp.).

• Frąc M., Kaczmarek J., Jędryczka M. (2022) Metabolic Capacity Differentiates Plenodomus lingam from P. biglobosus Subclade ‘brassicae’, the Causal Agents of Phoma Leaf Spotting and Stem Canker of Oilseed Rape (Brassica napus) in Agricultural Ecosystems. Pathogens. 11(1) : 50. DOI: 10.3390/pathogens11010050
  
• Zimny J., Sowa S., Otręba P., Kozdój J., Zimny A., Kaczmarek J., Oleszczuk S., Czaplicki A., Jędryczka M. (2021). Pollen flow of winter triticale (x Triticosecale Wittmack) investigated with transgenic line expressing β-glucuronidase gene. Agronomy. ISSN 2073-4395. DOI: 10.3390/agronomy11030431
• Brachaczek A., Kaczmarek J., Jędryczka M. (2021). Warm and Wet Autumns Favour Yield Losses of Oilseed Rape Caused by Phoma Stem Canker. Agronomy. 11(6): 1171. DOI: 10.3390/agronomy11061171
  
• Szwarc J.,  Niemann J.,  Kaczmarek J.,  Bocianowski J., Weigt, D. G. (2022). Genetic relationship of brassicaceae hybrids with various resistance to blackleg Is disclosed by the use of molecular markers. Curr. Mol. Biol. 44: 4290–4302. DOI: 10.3390/cimb44090295
• Piasecka A., Sawikowska A., Witaszak N., Waśkiewicz A., Kańczurzewska M., Kaczmarek J., Lalak-Kańczugowska J. (2022). Metabolomic Aspects of Conservative and Resistance-Related Elements of Response to Fusarium culmorum in the Grass Family. Cells 2022, 11, 3213. DOI: 10.3390/cells11203213

Projekty badawcze