Instytut Genetyki Roślin
Polskiej Akademii Nauk

Biometrii i Bioinformatyki

Kierownik
dr hab. Grzegorz Koczyk

Skład
prof. dr hab. Paweł Krajewski
dr Hanna Ćwiek-Kupczyńska
dr Katarzyna Czyż
dr inż. Monika Mokrzycka
dr Dariusz Kruszka
mgr Maria Nuc (doktorantka)
mgr Michał Kawaliło (doktorant)
Michał Stanoch (specjalista-bioinformatyk)
 
 
Zakład prowadzi badania na temat modelowania i analizy danych pochodzących z  doświadczeń biologicznych oraz struktur i narzędzi przetwarzania danych. Szczególnie interesujące są dane powstające w doświadczeniach wykorzystujących protokoły takie jak sekwencjonowanie nowej generacji lub chromatografia. Ze względu na duże liczby obserwacji i komplementarność tych analiz w projektach biologicznych, istotnym zagadnieniem jest integracja różnych zbiorów danych oraz podejścia filogenomiczne uwzględniające interpretację danych w kontekście ewolucyjnym.
 

Profil Badawczy

  • tworzenie standardów baz danych i narzędzi do przechowywania i przetwarzania danych z doświadczeń roślinnych,

 

Metody

 

Obecnie prowadzone prace badawcze

 

Wybrane publikacje

  • Koczyk, G., Pawłowska, J., Muszewska, A. (2021) Terpenoid Biosynthesis Dominates among Secondary Metabolite Clusters in Mucoromycotina Genomes. Journal of Fungi (Basel, Switzerland), 7(4), 285
  • Papoutsoglou EA, Faria D, Arend D, Arnaud E, Athanasiadis IN, Chaves I, Coppens F, Cornut G, Costa BV, Ćwiek-Kupczyńska H, Droesbeke B, Finkers R, Gruden K, Junker A, King GJ, Krajewski P, Lange M, Laporte MA, Michotey C, Oppermann M, Ostler R, Poorter H, Ramı Rez-Gonzalez R, Ramšak Ž, Reif JC, Rocca-Serra P, Sansone SA, Scholz U, Tardieu F, Uauy C, Usadel B, Visser RGF, Weise S, Kersey PJ, Miguel CM, Adam-Blondon AF, Pommier C. (2020) Enabling reusability of plant phenomic datasets with MIAPPE 1.1. New Phytologist; 227(1):260-273
  • Tyrka M, Mokrzycka M, Bakera B, Tyrka D, Szeliga M, Stojałowski S, Matysik P, Rokicki M, Rakoczy-Trojanowska M, Krajewski P. (2021) Evaluation of genetic structure in European wheat cultivars and advanced breeding lines using high-density genotyping-by-sequencing approach. BMC Genomics; 22(1):81

 

Projekty badawcze

Nr projektu: 2016/22/M/NZ9/00251
Tytuł projektu: Regulacja ekspresji genu półkarłowatości sdw1/denso u jęczmienia (Horedeum vulgare L.) i jej związek z architekturą i fizjologią roślin
Typ projektu: HARMONIA 8
Kierownik: Paweł Krajewski
Okres realizacji: 17 kwietnia 2017 - 16 kwietnia 2022
 
Nr projektu: 7331013
Tytuł projektu: European Plant Phenotyping Network 2020 (EPPN2020)
Typ projektu: H2020-INFRAIA-2016-1
Koordynator projektu: Francois Tardieu, INRA, Francja
Koordynator w IGR PAN: Paweł Krajewski
Okres realizacji: 1 maja 2017 - 31 października 2021
 
Nr projektu: BIOSTRATEG3/343665/6/NCBR/2017
Tytuł projektu: Zintegrowana strategia dla reaktywacji polskiej hodowli pszenicy heterozyjnej (Akronim: HYBRE)
Koordynator projektu: Stefan Malepszy (SGGW)
Koordynator w IGR PAN: Paweł Krajewski
Okres realizacji: 21 sierpnia 2017 - 30 kwietnia 2022
 
Nr projektu: 2016/21/B/NZ9/01875
Tytuł projektu: Geneza i rozpowszechnianie zdolności do biosyntezy oraz metabolizmu makrolaktonów wśród grzybów wyższych
Typ projektu: OPUS 11
Kierownik: Grzegorz Koczyk
Okres realizacji: 7 marca 2017 -  6 marca 2022
Strona projektu: https://www.researchgate.net/project/Origins-and-spread-of-the-capacity-towards-synthesis-of-bioactive-macrolactones-in-higher-fungi
 
Nr projektu: 2016/21/D/NZ8/01300
Tytuł projektu: Dynamika zmian genomu w ewolucji i utrzymaniu zdolności symbiotycznego wiązania azotu, w świetle starych ewolucyjnie linii roślin strączkowych
Typ projektu: SONATA 11
Kierownik projektu: Katarzyna Czyż (Wyrwa)
Okres realizacji: 3 marca 2017 -  2 marca 2022
Strona projektu: https://www.researchgate.net/project/Genome-dynamics-underlying-nodulation-capacity-of-early-diverging-legumes
 

Copyright Instytut Genetyki Roślin Polskiej Akademii Nauk