Profil Badawczy

• badania podstawowe z zakresu metod statystycznych, informatycznych i bioinformatycznych w analizie integracji wyników doświadczeń biologicznych, ze szczególnym uwzględnieniem doświadczeń wykonywanych w genetyce, genomice roślin i powiązanych z nimi grzybów oraz w hodowli roślin,

• interdyscyplinarne badania z wykorzystaniem metod biologii molekularnej i eksperymentalnej dla pozyskiwania i interpretacji danych multiomicznych

Metody

• analiza danych biologicznych, w tym:
  • analiza danych multiomicznych, w szczególności wyników sekwencjonowania wysokoprzepustowego DNA w eksperymentach transkryptomicznych i epigenomicznych,
  • interpretacja oraz integracja danych pochodzących z doświadczeń wykorzystujących sekwencjonowanie DNA oraz fenotypowanie roślin, 
  • projektowanie i weryfikacja metod diagnostyki molekularnej roślin w oparciu o kryteria ewolucyjne i filogenetyczne

• metody statystyczne i (bio)informatyczne:
  • analiza liniowych modeli mieszanych, modelowanie danych funkcyjnych, analiza wielowymiarowa,
  • standaryzacja informacji eksperymentalnej i relacyjne bazy danych,
  • metody rekoncyliacji drzew filogenetycznych i analizy architektury domenowej białek

Obecnie prowadzone prace badawcze

• opracowanie metod przetwarzania i interpretacji wyników doświadczeń prowadzonych w celu oceny ekspresji genów, interakcji białek i DNA oraz stanu chromatyny
• badania ewolucyjnego pochodzenia zdolności roślin bobowatych do tworzenia stabilnej symbiozy z bakteriami brodawkowymi
• rekonstrukcja prawdopodobnego pochodzenia zdolności grzybów wyższych do syntezy bioaktywnych poliketydów makrolaktonowych
• opracowanie metod modelowania semantycznego danych fenotypowych

Wybrane publikacje

• Czyż, K. B., Książkiewicz, M., Koczyk, G., Szczepaniak, A., Podkowiński, J., & Naganowska, B. (2020) A Tale of Two Families: Whole Genome and Segmental Duplications Underlie Glutamine Synthetase and Phosphoenolpyruvate Carboxylase Diversity in Narrow-Leafed Lupin (Lupinus angustifolius L.). International Journal of Molecular Sciences, 21(7), 2580

• Winkelmüller TM, Entila F, Anver S, Piasecka A, Song B, Dahms E, Sakakibara H, Gan X, Kułak K, Sawikowska A, Krajewski P, Tsiantis M, Garrido-Oter R, Fukushima K, Schulze-Lefert P, Laurent S, Bednarek P, Tsuda K. (2021) Gene expression evolution in pattern-triggered immunity within Arabidopsis thaliana and across Brassicaceae species. Plant Cell; 33(6):1863–87

Projekty badawcze